Nach langen Jahren der Abwesenheit kehrt Ex-SHIELD-Boss Nick Fury (Samuel L. Jackson) auf die Erde zurück. Alarmiert wurde er durch seinen Freund Talos (Ben Mendelsohn), den Anführer der Alien-Rasse der Skrulls auf der Erde. In „Captain Marvel“ (2019) wurde davon erzählt, wie die Skrulls in den 1990er-Jahren auf der Erde strandeten; seitdem warten sie auf die Einlösung des Versprechens, einen neuen Heimatplaneten für die Skrulls zu finden.
Auch Fury gab einst sein Wort, und das wird ihm nun zum Verhängnis. Denn im Gegensatz zu Talos wollen viele der jüngeren Skrulls nicht mehr länger auf ihre eigene Welt warten und erklären der Menschheit einen geheimen Krieg, vom dem die meisten nicht einmal etwas merken. Es ist an Fury, Talos und einigen Mitstreitern, die rebellischen Skrulls unter ihrem neuen Rädelsführer Gravik (Kingsley Ben-Adir) aufzuhalten, bevor die Spannungen zwischen beiden Rassen überhandnehmen oder die Skrulls sogar den Sieg davontragen.
Die Prämisse ist verlockend. Die Skrulls endlich als Feinde der Menschheit wie seit Jahrzehnten in den Comics und in der unmittelbaren „Secret Invasion“-Comicvorlage, dazu eine Flut von Möglichkeiten,
